Il programma cinematografico della Fondazione Prada è costituito da tre sezioni che corrispondono a tre giorni definiti della settimana. Ogni venerdì si tiene Soggettiva, opere cinematografiche scelte da importanti personalità provenienti da ambiti diversi invitati a condividere con il pubblico e a scegliere i loro film preferiti che hanno contribuito alla loro formazione personale e culturale. Ogni sabato è proposta Indagine, la sezione che riunisce prime visioni e film che non sono stati distribuiti in Italia o che sono stati proiettati in rare occasioni. Ogni domenica si svolge Origine, film del passato restaurati e riproposti per la loro rilevanza storica, la loro attualità e il loro valore cinematografico.
Tutti i film sono proiettati in 35mm o DCP nella loro versione originale, grazie al supporto di Beta Cinema, Cinematek, Kino Lorber, Lucky Red, Milestone Films, Park Circus, Reading Bloom, Swedish Film Institute, Universal Pictures International, Wanted Cinema, Xenon Pictures.
